Природные условия
Административное положение: г. Оренбург, Северный административный округ. Расположен в пределах Предуральского краевого прогиба, приурочен к степной природной зоне.
Климат резко континентальный, характеризуется жарким сухим летом и морозной малоснежной зимой, небольшим количеством осадков. Средняя годовая температура +3,5 °С, годовая сумма атмосферных осадков — 380 мм.
Согласно розе ветров, преобладающими являются восточные и юго-западные направления. В течение лета господствуют нагретые сухие воздушные массы со Средиземноморья и обжигающий горячий воздух Казахстана и Средней Азии. Зимой оказывает влияние полоса высокого атмосферного давления, осевая линия которой проходит через всю Оренбургскую область и является важнейшим ветроразделом. Максимум осадков приходится на летние месяцы, которые несколько сглаживают засушливость климата, но носят характер ливней, чередующихся с периодами длительного бездождья. Также характерны повышенные сезонные и суточные перепады температур. Большая скорость ветра определяет запыленность города, иссушение почвы. Фенологические наблюдения показывают, что переходные сезоны года — весна и осень — cильно сокращены, в то время как лето и зима длятся больше календарных месяцев. Район относится к засушливому (по агроклиматическому районированию, в основу которого положен гидротермический коэффициент Селянинова — ГТК) ГТК 0,6–0,8. Ресурсы тепла составляют 2 400–2 600 °С, продолжительность безморозного периода 130–145 дней. Продолжительность залегания снежного покрова 140–155 дней.
Разность между средними температурами самого холодного (январь) и самого теплого (июль) месяцев составляет 36–37 °С, абсолютная амплитуда достигает 85–87 °С. Абсолютные минимумы могут достигать –42 °С, а максимумы +41 °С. В связи с резко континентальным климатом в регионе возникают суховейные ветра, преобладающие в мае и августе.
Рельеф и геоморфология региона: Восточно-европейская равнина и равнина Предуральского прогиба, терраса реки Сакмары, территория характеризуется неоднородным микрорельефом (микропонижения).
Почвенный покров: территория ботанического сада приурочена к подзоне обыкновенных черноземов, почвенный покров на протяжении многих лет подвергался уплотнению со стороны тяжелой техники и засорен промышленным и строительным мусором. Почвенно-экологические условия (отчет кафедры общей биологии 2006 г.): мощность гумусового горизонта варьирует от 41 до 52 см, содержание гумуса в слое 0‑20 см варьирует от среднего до очень низкого. Выделенный под ботанический сад участок в целом характеризовался удовлетворительными почвенно-экологическими условиями и требовал проведения ряда мелиоративных мероприятий.